一切始与5年前。5年前原爆使美国一将军面子挂不住，也使美国强大军事形象受损，这将军暗中成立一间影子公司与俄国叫马科洛夫的人合作，在莫斯科的机场进行一场屠杀，其中屠杀队伍里有CIA的卧底（ALLEN）。屠杀行动结束后马科洛夫杀了这名卧底，原来他早就知道。故意留下卧底的尸体，俄国凭这尸体认定屠杀为美国所为(太儿戏了)。开始对美国实行报复行动，登录美国本土作战。美军与俄军在华盛顿展开攻防战。（视角为：Jaems Ramiaz，隶属第75游骑兵营）
另一方面，一支多国秘密特种部队在前作主角SOAP的带领从屠杀现场的子弹发现马科洛夫跟此事有关联（ROACH视角）。到巴西寻找线索。从抓来的人口中得知前作中的PRICE被囚禁在俄国库页岛某监狱，继续由SOAP带队营救。把PRICE救出后，得知俄国正想发射核弹，PRICE提议利用俄核潜艇上的准备发射的核弹引爆从而引发EMP，切断攻美俄军的通信与设备，阻止俄军行动。PRICE的计划在行动中实现，核弹发射成功。
核弹在美国东北部上空爆发，整个东部所有电子设备失效，俄军所有通信与武器失去作用(也把国际太空站也摧毁)。正在华盛顿激战的美军由于俄军的失利乘势夺回被俄军占领的白宫，至此美军宣告胜利，代价惨重，整个华盛顿几乎毁于一旦。
回到PRICE一方，追查到马科洛夫的证据所在地，收集完证据后，那位美国将军出现，居然杀害了行动小队队员，夺走证据。（ROACH和GHOST死亡，视角回到“肥皂”）原来这所有都是将军一手策划的一场“戏”。挑起美俄战争，使自己变成战争英雄，夺回面子。。。
PRICE和SOAP在前作出现过的朋友尼克拉的帮助下潜入影子公司的基地，准备手刃将军血债血偿。经过一番追逐，将军的直升机坠落，SOAP持刀追杀，却反被将军刺中，最后PRICE与将军殴斗中SOAP拔出刺中自己的刀，使出失传已久，兵器本排名第一位的绝学——小李飞刀，正中将军头部，将军当场去见了马克思。PRICE和受重伤的SOAP也在尼克拉的帮助下登上直升机
现代战争2结束，而SOAP生死，马科洛夫行踪美俄战争如何收场也没交代。
1.马科洛夫没死 成了毛子国大英雄
2.price被囚禁了
3.全频道阻塞
4.美帝主旋律,华盛顿被毁
5.米帝内部有内鬼,为了给3W弟兄报仇
6.主角光环失效
7.小李飞刀最牛B
附加最后场景的最后对话
“5年前，一眨眼的功夫我就失去了3万弟兄，而整个世界就”他妈的“那样袖手旁观”
“明天的世界仍然不会缺少挺身而出的志愿者和爱国者”
“你应该明白”
……